Al nombre de Colindres se le atribuyen diversos orígenes. Para unos su procedencia es celta y se refiere al lugar «situado a orillas de un río». Para otros el origen es prerromano y significa «colina redondeada». Otros señalan que procede de «corra», vara de mimbre, haciendo alusión al cultivo de la vid. Lo que si sabemos, con seguridad, es que Colindres estuvo habitada en época Mesolítica (9500-5500 BP) como atestiguan los restos encontrados en las cavidades de la Peralada I y II.
Se sabe, también, que diferentes caminos históricos discurrieron por Colindres. Primero fueron los romanos, que trazando una vía transitable para mercancías y tropas por el norte peninsular, incluyeron en su trayecto estos parajes. Después, en la Edad Media, peregrinos que hacían el “Camino de Santiago” pasaban por Colindres en dirección a las Asturias de Santillana. Más tarde, la red de caminos del concejo y el “Camino Real”, conocido también como “de los Castellanos”, permitieron el flujo constante de gentes, productos e innovaciones que potenciaron el desarrollo económico de la comarca.
Las primeras referencias documentales sobre Colindres aparecen en el Cartulario de Santa María del Puerto (Santoña), en un documento del año 1085 referido “al concejo de hombres buenos” de la villa. Este documento está relacionado con el poblamiento que tiene lugar entorno al monasterio de San Jorge y San Juan, en el barrio de Arriba, en época medieval.
El desarrollo de la villa a lo largo de la Edad Media y Moderna se ve favorecido por su condición de emplazamiento estratégico, no solo como lugar de paso en el acceso hacia la meseta por el puerto de Los Tornos, sino por el trasiego de mercancías y productos procedentes de los puertos próximos y del interior de Castilla. Mercadeo al que se sumaron las notables producciones locales de cítricos (naranjas y limones agrios), vino chacolí y recursos madereros.
La institución de gobierno local era el Concejo o asamblea de vecinos, que se reunía en un antiguo edificio junto a la iglesia de San Juan y el hospital de peregrinos. Sus funciones eran de lo más variadas: vigilar límites jurisdiccionales y montes comunes, controlar pesos y medidas de carnes, pescados, trigo y vino, reparar caminos o elaborar padrones.
Jurisdiccionalmente, Colindres pertenecía a la Junta de Seña, la cual estaba integrada en la Merindad de Vecio. En 1399 el rey Enrique III “El Doliente”, debido a los gastos ocasionados por su guerra con Portugal, empeñó diversos territorios, entre ellos los lugares de Limpias, Colindres y Balmaseda a favor de Juan de Velasco, su Camarero Mayor.
Para evitar su venta, los tres concejos aceptaron hacerse cargo de la mitad de la deuda real, que ascendía a 15.000 florines de oro: Balmaseda aportó 5.000, mientras que Limpias y Colindres 2.500 entre ambas. A cambio el rey les otorgóuna Carta Foral según la cual:“…no se quitasen del Señorío de Vizcaya e de la micorona real”y que“… no puedan ser dados, ni trocados, ni empeñados nivendidos por mi ni por ninguno de los otros reyes… e que quedan e sean syenpredel Señorío de Vizcaya…”.De ete modo, Colindres logró una importanteautonomía administra y fiscal que conservó hasta el siglo XIX.
En el siglo XVII, coincidiendo con su condición de “Concejo de Realengo”, cobra importancia la actividad económica generada tanto por el desarrollo de los molinos de mareas, como por la construcción naval. Esta última se venía produciendo desde 1475 en el lugar de Falgote y La Quinta, convirtiéndose en Astilleros Reales a partir de 1618, mediante un acuerdo firmado entre Felipe III y la Hermandad de las Cuatro Villas de la Costa.
El abandono de los astilleros a finales del siglo XVII, unido al descenso de la actividad en los puertos produjo una crisis económica y social que se mantuvo durante el siglo XVIII y primera mitad del siglo XIX. Durante este tiempo, su actividad productiva se ve reducida a la explotación de los recursos naturales procedentes de la agricultura y la pesca. Esta crisis se materializa además en la disminución de la población que se verá abocada a la emigración.
Será a finales del siglo XIX y principios del XX cuando el municipio experimente un importante crecimiento en todos los aspectos. Este desarrollo se debe a la existencia de una burguesía emprendedora, formada por la llegada de “indianos” procedentes de las colonias de ultramar, así como a la aparición de nuevas tecnologías y procedimientos industriales que generan en la villa el surgimiento de una industria conservera moderna.
La existencia de una burguesía emprendedora y con capacidad económica, que en su retorno al lugar de origen crea negocios e industrias locales, determina la transformación de Colindres. En este contexto, a finales del siglo XIX y primeros años del XX, se produce la expansión del municipio, creando un nuevo espacio urbano con una nueva arquitectura en torno a La Alameda.
Esta nueva sociedad aristocrática y burguesa demanda un nuevo espacio urbano acorde con los ideales de la época. Así, se regulariza el trazado de las calles y plazas, dotándolos de amplias y salubres zonas verdes. En este nuevo espacio encuentran su hueco los inmuebles de uso residencial como villas, quintas u hoteles de familia, además de otros edificios emblemáticos como el Kiosco y la Escuela-Casa Consistorial.
Si bien esta nueva zona de expansión urbana, conocida como Colindres de Abajo, se desarrollará fundamentalmente a finales del siglo XIX y principios del XX, ya aparece mencionada en el año 1820 al redactarse el último padrón de hidalguía de la villa.
En ese mismo año se cuestiona la adscripción secular de Colindres al Señorío de Vizcaya, proceso que finaliza con su integración en la provincia de Santander en el año 1840.
Entre 1890 y 1911 la renovación urbana emprendida por la corporación municipal pasa por su punto más álgido, marcando un punto de inflexión, como consecuencia de los proyectos que se llevan a cabo dentro del nuevo modelo de desarrollo urbano de la villa.
En este desarrollo intervienen, entre otras personalidades, los arquitectos Alfredo de la Escalera y Gonzalo Bringas, el indiano Heliodoro A. Fernández y alcaldes como los hermanos Bengoechea. La participación de todos ellos en este proyecto de renovación urbana, tanto con sus proyectos como con su dinero o la propia gestión municipal, dará lugar a la construcción de algunos de los elementos más singulares de esta villa como son el edificio de las antiguas Escuelas, la casa de Cultura, villa Luz o la propia Alameda.